लेकिन ऐसा कहा जाता है कि लौटते समय सिकंदर को अपनी यात्रा में कई विद्रोहों का सामना करना पड़ा और शायद उन विद्रोहों का नेतृत्व चंद्रगुप्त मौर्य ने किया। चंद्रगुप्त मौर्य ने सिकंदर की सेना में लड़ने की ग्रीक शैली भी सीखी, उसके बाद उन्होंने इसे छोड़ दिया। जब सिकंदर लौट रहा था, तो उसने अपने प्रांतों को अपने तीन सैनिकों को सौंप दिया। लेकिन चंद्रगुप्त गुप्त ने उन्हें हरा दिया और सिंध और पंजाब के राजा बन गए।
उसके बाद चंद्रगुप्त ने मगध (पाटलिपुत्र) पर हमला किया, और कई प्रयासों के बाद इसे जीत लिया और मगध का शासक बन गया। उसके बाद उन्होंने पूरे उत्तर भारत पर कब्जा कर लिया।
यहाँ सिकंदर की यात्रा के दौरान मृत्यु हो गई और सेल्यूकस निकेटर मध्य पूर्व का सम्राट बन गया और सेल्यूइड साम्राज्य की स्थापना की। जब उन्हें पता चला कि पंजाब और सिंध चंद्रगुप्त द्वारा खोजे गए हैं, तो वह उन्हें फिर से लेने के लिए भारत आया, लेकिन जब वह आया, तो भारत छोटे राज्यों (जनपदों) का एक समूह नहीं था, लेकिन उसे महान मौर्य साम्राज्य के साथ लड़ना पड़ा (महाजनपद)।
कुछ विद्वानों का मानना है कि वह युद्ध हार गया लेकिन कुछ का मानना है कि वह हारने के डर के कारण भी नहीं लड़े। चंद्रगुप्त ने उसे अपनी बेटी के साथ शादी करने और पारिवारिक संबंध बनाने के लिए कहा। परिणामस्वरूप भारत के पूरब और पश्चिम की सीमा के संबंध एक सदी के लिए विदेशी आक्रमण से सुरक्षित हो गए।